Stavba kostela sv. Otmara začala 13. května 1454 pod pastorem Johannesem Hinderbachem. Připomíná to nápis nad hlavním vchodem. Předtím stálo na místě dnešního kostela šest dřívějších kaplí. Nejstarším doloženým předchůdcem byl karolínský kostel z 9. století. Na místě kostela stálo uctívané místo více než 1100 let.
Donátorem stavby kostela byl vévoda Przemysl III. z Troppau. Bydlel v Herzoghofu v Mödlingu. Zemřel v roce 1493, jeho náhrobek je stále na severní stěně kostela. Jako farní kostel patří děkanské faře v Mödlingu a tedy arcidiecéze ve Vídni.
Po 69 letech stavby byl kostel dokončen v roce 1523. O šest let později, v roce 1529, byl vypálen v osmanské válce. Před zničením se kromě zdí a sloupů zachoval svátostný dům, hlava ukřižovaného na velkém kříži a vyšívaný obraz Marie (dnes u hlavního oltáře).
Rekonstrukce trvala sto let. Na mapě z roku 1610 je kostel bez střechy znázorněný jako starý, poničený kostel. Roku 1616 kardinál Melchior Khlesl volal po darech na pomoc přestavbě kostela. V roce 1629 daroval muž ze Salcburku Florianus Ursprunger mramorový kamenný chodník (salzburský mramor) pro svatyni. To připomíná mramorová deska na pravém sloupci v kancléře.
V druhé osmanské válce v roce 1683 bylo zabito obyvatelstvo, které uprchlo do kostela, samotný kostel byl znovu poškozen, ale poté byl rychle přestavěn za podpory obchodního soudce Wolfgangem Ignazem Viechtlem. Viechtl byl profesní mlynář, a tak na vnější straně západní zdi ve vysoké výšce jsou dva mlýnské kameny. Pamětní deska je připojena k jeho bývalému domu na dnešním náměstí svobody. V roce 1690 byl obnoven kostel včetně krovu a střechy. Střešní konstrukce je třípodlažní, 18 m vysoká, vyrobená výhradně z jedle a byla odborníky popsána jako mistrovské dílo tesařství.
Barokní styl dosta kostel v 18. století. Kazatelna znázorňuje papeže Benedikta XIII. Bylo postaveno sedm barokních oltářů, nápis na oltáři Nepomuk připomíná: unum ex septem altaribus. Pět z těchto oltářů dodnes existuje, některé obnovené. V roce 1760 darovala vysoký oltář Marie Terezie. První varhany byly postaveny v roce 1727. Navíc byla okna do značné míry zděná, což si dnes můžeme jen těžko představit.
Za starosty Josefa Schöffela byla při příležitosti městského průzkumu v roce 1875 založena církevní restaurátorská služba, kostel byl regotifikován. Většina skleněných oken pochází z této doby. Poslední významná obnova proběhla v letech 1982 až 1983. Během vykopávek bylo identifikováno šest předchozích kostelů. Liturgické myšlenky druhého vatikánského koncilu byly realizovány v současných dílech umělce Huberta Wilfana.